（新型コロナウイルス）病床確保料に係る消費税の取扱いについて

印刷ページの表示ページ番号：0002316047 更新日：2025年10月1日更新

病床確保料に係る消費税の取扱いについて

　令和7年7月29日付け厚生労働省医政局医療経理室及び同省健康・生活衛生局感染症対策部感染症対策課から別添のとおり事務連絡がありました。
過去に大分県から、新型コロナウイルス病床確保料を受領していた医療機関へのお知らせです。つきましては、消費税申告の際に本県から受領した新型コロナウイルス病床確保料を特定収入とするなど適正な申告を行っていたか、各自ご確認の上で以下によりご回答をお願いします。

事務連絡（病床確保料の消費税調整計算） [PDFファイル／190KB]

参考資料（消費税に係る消費税計算） [PDFファイル／1.38MB]

参考資料（令和5年度決算検査報告） [PDFファイル／1.45MB]

参考：国、地方公共団体や公共・公益法人等と消費税（国税庁HP)

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/shohizei.htm

1 新型コロナウイルス病床確保料とは

２回答方法

３回答期日

４病床確保料を特定収入として申告すべき場合

５質疑応答

6 過去の消費税申告の修正申告が必要になった場合

７問い合わせ先

1　新型コロナウイルス病床確保料とは

以下の補助金をいいます。
・本県から、新型コロナウイルス入院患者（疑い患者含む）受け入れのための病床確保要請に応じたうえで実際に確保された空床や休止病床数に応じて受領した補助金
・院内クラスター発生に伴い、病床の休止を余儀なくされその病床数に応じて受領した補助金

電子申請システムにより回答をお願いします。以下のURLもしくは二次元コードにログインして回答してください。病床確保料を受けた自治体病院と、その他医療機関の開設者はすべて回答が必要です。税理士事務所や会計事務所に回答を依頼されても差し支えありません。LGWANとインターネットの分離がなされている自治体病院は、インターネット環境にてログインしてください。前年度の照会（令和６年１０月４日付健政第１１８１号）に回答いただいた医療機関もありますが、その照会と今回の照会はまったく別の照会になります。

https://ttzk.graffer.jp/pref-oita/smart-apply/apply-procedure-alias/consumption-tax

二次元コード

電子申請システムの操作方法が不明な場合は下記、「県民向けヘルプデスク」へお問合せください。
県民向けヘルプデスク
電話番号：097-506-2457
メールアドレス：shinsei-help@pref.oita.jp
対応時間：土曜日、日曜日及び祝日を除く午前8時30分から午後5時15分まで
電子申請システムの操作方法については、大分県電子申請ポータルサイトの「よくある質問」もご覧ください。

大分県電子申請ポータルサイト

（同一法人で病床確保料を受領していた医療機関が大分県内に複数ある場合）
法人単位でまとめて回答をお願いします。本部などの消費税申告担当部署から回答いただければ結構です。
（他都道府県においても病床確保料を受領した医療機関がある場合）
他都道府県からの同様の照会に回答済みであっても、大分県への回答は必要になりますのでよろしくお願いします。また大分県への回答をもって、他都道府県に対する同様の照会への回答が不要になるものではありません。

３　回答期日

　令和７年１１月２８日（金）

４病床確保料を特定収入として申告すべき場合

消費税法（昭和63 年法律第108 号）別表第三に掲げる法人 [PDFファイル／262KB]※に該当する場合です。
※社会医療法人、学校法人、公益社団法人、地方独立行政法人、自治体病院等
電子申請システムで、別表第三に掲げる法人に該当するかどうかという設問を設けております。不明な場合は顧問契約をされている税理士事務所などにお尋ねください。

５質疑応答

　今後新たな質疑がありましたら、追加することがあります。

質疑

応答

病床確保料について、一部については処遇改善に充てることとされておりますが、大宗は使途が定まっていないため、消費税の調整計算上は「使途不特定の特定収入」となるという理解で良いでしょうか。

ご理解のとおり病床確保料の一部については令和４年１月１日から処遇改善に用いることとしています。
他方、病床確保料はコロナ患者等を入院させるために医療従事者の体制を整えたコロナ病床が空床となった場合に、当該病床から得られるべき診療報酬が得られなくなったという機会損失に対する補塡であり、基本的には、消費税の取扱いとして「使途不特定の特定収入」に該当するものと承知しております。
なお、処遇改善として医療従事者の給与に充てていたとしても、実績報告書など補助金等を交付する者が作成したその補助金等の使途を定めた文書（交付要綱等）によりその使途（給与など）が明らかとなっていない限り、消費税法上、使途が特定されたものとなりません。
いずれにしても、個々の実情に応じて判断すべきものと承知しております。
（補足）
交付要綱のみで使途が特定することはないものと考えております。
「処遇改善」としか記載していない場合においては、どの経費のどの程度支出したかは判明いたしませんので、使途の特定ということは生じないと思います。
ただ、交付要綱「等」とした場合、実績報告書といった附属書類も含みますので、そういった自治体が作成したと同視できる書類において処遇改善に係る経費の細目が明らかになっている可能性も否定できないことに留意は必要となります。

仮に処遇改善に充てていたとしても「使途が特定されていない特定収入とした場合の計算」にて申告を行っていた病院に対して、「人件費に使うものとして使途が特定されている場合の計算」にて申告をやり直すことまで求める必要はない、ということでよろしいでしょうか？

基本的には、処遇改善に充てていたとしても、交付要綱等において、その使途（給与など）が明らかとなっていない限り、「使途不特定の特定収入」として消費税の申告を行うこととなります。いずれにしても、個々の実情に応じて判断すべきものと承知しております。

「人格のない社団等」も調整計算を行うことが考えられますが、とくに明示していない理由を教えて下さい。

ご理解のとおり「人格のない社団等」も調整計算の対象となり得るものです。他方、事務連絡においては、一般的に病院を運営している公共・公益法人である消費税法別表第三法人を例としております。仮に病床確保補助金の交付先に「人格のない社団等」がありましたら、周知方よろしくお願いします。

消費税法上の時効等は考慮して対応を依頼する必要性はありますか。

医療機関に本事務連絡の内容が届き次第、速やかに確認を行って頂き、修正申告の必要が生じた場合も速やかに行って頂くようお願いいたします。

調整計算を行う「地方公共団体」には「一部事務組合」を含むのでしょうか？また、特別会計ではなく一般会計で受領した場合は含めなくてよいのでしょうか？いったん一般会計で受領した後、特別会計へ繰り出している場合はどのような取扱いとなるのでしょうか？

「一部事務組合」も含みます。また、一般会計で受領した場合であっても、特別会計へ繰り出している場合には、その繰入金は特定収入になり得るものです。なお、特別会計においては、地方公共団体が合理的な方法により補助金等の使途を明らかにした文書により使途を特定している場合もありますので、その場合はその使途に応じて消費税の申告を行うこととなりますので、この点ご留意ください。

「特定収入割合」の分母には病院業務以外の収入も含まれますか。

「特定収入割合」の分母はその法人の収入となるようなものは基本的には含まれますので、病院業務以外の収入も含めて計算することとなります。

前年度も消費税にかかる照会があり回答しましたが、今回も回答が必要でしょうか？

以下のとおり照会目的が全く異なっており、前回回答済みであっても回答は必要です。

6年度と7年度の照会
6年度	7年度
補助金を財源として、機器を購入するなど課税仕入れ（消費税が課税される取引）を行った場合に発生する仕入れ控除税額を照会したもの	消費税法別表第三法人において、病床確保料を特定収入とするなど適切な申告を行っていたか照会するもの